Para usar migrações com BDR, você precisaria criar suas migrações manualmente, usando apenas operações "seguras", porque o BDR não é capaz de replicar operações como a de sua migração.

Em uma conversa por e-mail que tive recentemente com o suporte do 2º Quadrante (os principais patrocinadores do desenvolvimento de BDR), recebi esta informação sobre o tema:

Também encontrei este artigo do BrainTree para ser uma ótima referência para o que poderia ser considerado operações "seguras" e como você teria que reescrever o comportamento em suas migrações.