Simplesmente converta para uma string:
db.session.query(Vehicle).filter(str(Car.id) == Vehicle.value)
if
Car.id é uma variável local que é um int. Se você precisar usar isso em uma junção, faça com que o banco de dados o converta em uma string:
from sqlalchemy.sql.expression import cast
db.session.query(Vehicle).filter(cast(Car.id, sqlalchemy.String) == Vehicle.value)
Se o valor da string na outra coluna contiver dígitos e possivelmente espaços em branco você pode ter que considerar aparar ou, em vez disso, converter o valor da string para um inteiro (e deixar a coluna inteira como um inteiro).
