Isto é esperado. Você pode obter um melhor desempenho usando
WHERE NOT EXISTS
em vez de:SELECT k999a
FROM transaksi
WHERE NOT EXISTS (
SELECT 1 FROM buku WHERE buku.k999a = transaksi.k999a LIMIT 1
);
Aqui está uma boa explicação para cada um dos métodos: https://explainextended.com/2009/09/16/not-in-vs-not-exists-vs-left-join-is-null-postgresql/