Certifique-se de que paranoid seja o atributo definido dentro do segundo parâmetro de objeto.
..., {
classMethods: {
associate: function(models) {
Collection.belongsTo(models.User,{ foreignKey: 'userId' })
}
},
timestamps: true,
paranoid: true
}
Você definiu paranóico como 3. Param e esse é o problema.