Para o Pycharm, basta ir em Run -> Edit Configurations, selecionar seu projeto à direita da janela de Debug Configuration e você verá as variáveis ​​de ambiente à direita. Certifique-se de ter definido DJANGO_SETTINGS_MODULE=mysite.settings, se não apenas adicionar um, é tão fácil quanto preencher um par de valores-chave na caixa de diálogo pop-up.