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sqlalchemy várias chaves estrangeiras para a mesma tabela


Não está completamente claro o que exatamente está causando o problema, pois você omitiu a parte mais importante - o código que lança essa exceção, mas se adiciona propriedades de relacionamento à classe PostModel lançamentos que tentam adicionar foreign_keys parâmetro para relacionamento chamada como o seguinte:
class PostModel(...):
    # ...
    subject1_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject2_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject1 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject1_id)
    subject2 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject2_id)