Se você também precisa ser notificado sobre DELETEs e excluir o respectivo registro no Elasticsearch, é verdade que a entrada do Logstash jdbc não ajudará. Você teria que usar uma solução para contornar o log binário como sugerido aqui

No entanto, se você ainda quiser usar a entrada jdbc do Logstash, o que você pode fazer é simplesmente excluir registros no PostgreSQL, ou seja, criar uma nova coluna BOOLEAN para marcar seus registros como deleted . O mesmo sinalizador existiria no Elasticsearch e você pode excluí-los de suas pesquisas com um simples term consulta no deleted campo.

Sempre que precisar realizar alguma limpeza, você pode excluir todos os registros sinalizados como deleted tanto no PostgreSQL quanto no Elasticsearch.