Você pode copiar o dataframe para um arquivo de texto delimitado por tabulação ou csv e carregá-lo no PostgreSQL com o comando COPY FROM [1]? Isso implementa uma abordagem de carregamento em massa que pode ter um desempenho mais rápido.
Em alguns casos, pode ser possível usar um RScript para emitir os dados como um stream e canalizá-los diretamente para o psql:
<RScript output tab delmited rows> | psql -c "COPY <tablename> (columnlist, ...) FROM STDIN WITH (FORMAT text)"
Em alguns casos de longa duração, coloquei | pv | no meio para acompanhar o progresso (http://www.ivarch.com/programs/pv. shtml ).
[1] http://www.postgresql.org/docs/ current/interactive/sql-copy.html
