Isso provavelmente acontece porque você não reinstalou as Ferramentas de Linha de Comando após a atualização.

Normalmente, o XCode deve ser atualizado para a versão mais recente (4.4) (acredito que quando atualizei para 10.8 também atualizei vários outros aplicativos, incluindo o XCode). Após a atualização, você precisa reinstalar as ferramentas de linha de comando. Isso agora pode ser feito através de uma configuração no XCode:

Vá para "Preferências -> Downloads" e instale "Ferramentas de linha de comando".

Agora você não deve ter mais problemas ao instalar pacotes que precisam ser compilados.