Tente semelhante abaixo código:
class MyTable(models.Model):
class Meta:
unique_together = (('key1', 'key2'),)
key1 = models.IntegerField(primary_key=True)
key2 = models.IntegerField()
ou se você quiser apenas campos mistos exclusivos:
class MyTable(models.Model):
class Meta:
unique_together = (('key1', 'key2'),)
key1 = models.IntegerField()
key2 = models.IntegerField()
EDIT:Gostaria de observar que há um problema com essa abordagem se houver 3 colunas. As consultas de atualização não funcionam porque tenta atualizar (coloca os campos pk logo após "SET") os campos que são únicos juntos e obviamente falha.