Eu consertei =) Eu realmente tive que pesquisar para encontrar a resposta para este. Basicamente, tudo se resume a carregar metadados e o driver JDBC. Ele está carregando TODOS OS META DATA, incluindo comentários ao lado de colunas sql e outras várias construções, que não são necessárias para a operação. Não sei por que isso está ativado por padrão, mas você definitivamente deve desativar esse recurso, a menos que precise explicitamente dele:
config.setProperty("hibernate.temp.use_jdbc_metadata_defaults","false");
Conexão instantânea agora!
A única informação que encontrei sobre isso está no código:
107 // 'hibernate.temp.use_jdbc_metadata_defaults' is a temporary magic value.
108 // The need for it is intended to be alleviated with future development, thus it is
109 // not defined as an Environment constant...
110 //
111 // it is used to control whether we should consult the JDBC metadata to determine
112 // certain Settings default values; it is useful to *not* do this when the database
113 // may not be available (mainly in tools usage).
114 boolean useJdbcMetadata = ConfigurationHelper.getBoolean( "hibernate.temp.use_jdbc_metadata_defaults", configValues, true );
http://grepcode.com/file/repo1.maven.org/maven2/org.hibernate/hibernate-core/4.1.1.Final/org/hibernate/engine/jdbc/internal/JdbcServicesImpl.java#JdbcServicesImpl
