Antes de mais nada, qual é a versão do PHP?

Se outros scripts .php funcionarem, exceto o phpMyAdmin, é bastante seguro assumir que algo está errado com a instalação do phpMyAdmin. (com os arquivos ou o Host Virtual)

Solucionar problemas:

1. 
   Você pode executar outro script no diretório phpMyAdmin? Tente com um arquivo contendo phpinfo(); Se não funcionar, o problema está na configuração do apache.
   
2. 
   Se o acima for verdadeiro, então o analisador não está reconhecendo phpMyAdmin/index.php como um arquivo php, por algum motivo. Tente reinstalar o phpMyAdmin.
   

Pensamentos:

Remova o AddType application/x-httpd-php .php . Você não deve precisar dele.

No PHP 5.4 magic_quotes_gpc foi removido. Se você estiver executando o PHP5, remova essa linha.

A partir do PHP 4.0.3, track_vars está sempre ligado, então remova-o também.

A partir do PHP 4.2.0, register_globals esta diretiva padroniza para off. Em PHP5.3 register_globals está obsoleto, a partir do PHP5.4 register_globals foi removido. SO, se estiver executando o PHP> 4.2.0, remova essa linha.