Existem etapas possíveis para habilitar o incremento automático para uma coluna. Eu acho que a versão do phpMyAdmin é 3.5.5, mas não tenho certeza.

Clique em Tabela > Estrutura guia> Em Ação Clique em Primário (definir como primário), clique em Alterar na janela pop-up, role para a esquerda e marque A_I . Verifique também se você selecionou Nenhum para Padrão