Eu tive problemas semelhantes (com um arquivo separado por tabulação) depois de atualizar de uma versão antiga do phpMyAdmin. Os seguintes pontos podem ser úteis:

• phpMyAdmin deve ter o número correto de colunas. Em versões mais antigas do phpMyAdmin, você poderia não fornecer valores vazios para colunas no final da linha, mas isso não é mais o caso.
• Se você exportar um arquivo do Excel para texto e as colunas no início ou no final das linhas estiverem completamente vazias, o Excel não exportará espaços em branco para essas linhas. Você precisa colocar algo ou deixar em branco e editar o arquivo resultante em um editor de texto com expressões regulares, por exemplo. para adicionar uma primeira linha em branco, procure por ^ e substitua por , (arquivo CSV) ou \t (arquivo de aba); para adicionar duas colunas à pesquisa final por $ e substitua por ,, ou \t\t etc.
• Adicione uma linha em branco na parte inferior do arquivo para evitar a mensagem de erro referente à última linha de dados. Este parece ser um bug que foi corrigido em versões mais recentes.
• Enquanto estiver no editor de texto, verifique também a codificação do arquivo, pois o Excel às vezes salva como UTF-16 com BOM, que o phpMyAdmin não gosta.