Não tenho certeza se você quer usar scripts MongoDB ou o idioma do seu aplicativo (Nodejs se estiver enganado)
É assim que funciona no Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
A documentação está aqui
Se não for isso que você deseja, atualize sua postagem e adicione qual idioma/framework você está usando
