Você pode usar uma consulta para remover todos os documentos correspondentes
var query = {name: 'John'};
db.collection.remove(query);
No entanto, tenha cuidado, se o número de documentos correspondentes for alto, seu banco de dados poderá ficar menos responsivo. Muitas vezes, é aconselhável excluir documentos em partes menores.
Digamos que você tenha 100 mil documentos para excluir de uma coleção. É melhor executar 100 consultas que excluem 1k documentos cada do que 1 consulta que exclui todos os 100k documentos.
