Depois de alguma investigação mais aprofundada, minha pergunta foi respondida. Em vez de usar variáveis oid diretamente ou usar strings, devo usar a função BCON_OID. A consulta a seguir ajuda a buscar o que eu queria:
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");
