Essa consulta não faz sentido. Você está solicitando o
_id exclusivo e de valor único campo para ter todos de dois valores distintos ao mesmo tempo . Acho que você quer
$in :db.database.collection.find({ "_id" : {
"$in" :
[ObjectId('4ee371837c93dd33dc000003'),
ObjectId('4eef9f647c93dd1a90000000')] } })
