Eu também encontrei com este problema. E foi causado pela atualização do mongodb sem desligar o servidor mongo.

Agora que você já tem a nova versão do mongodb (diga da versão do shell do mongo). Você pode resolvê-lo apenas reiniciando o mongod processo.

Para iniciar e interromper o processo mongo, consulte https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes