o problema esta aqui
const app = require("../index.js"); // the express server
Sempre que você tentar exigir o
index.js
você tecnicamente copia e cola todo o código de dentro de index.js
ao seu script de teste. Como você executa vários arquivos de teste ao mesmo tempo, cada teste tenta executar o mesmo código dentro de
index.js
Você pode ler mais em http://fredkschott. com/post/2014/06/require-and-the-module-system/