Duas razões principais:

1. 
   usar vários bancos de dados geralmente é considerado ruim e será preterido algum dia, e eles têm algumas penalidades de desempenho, embora bem menores.
   
2. 
   o principal motivo é que o redis é de thread único, se você precisar de duas fontes de dados diferentes, outra instância redis melhorará o desempenho, pois utilizará outra CPU que você provavelmente possui, enquanto uma instância sempre utilizará apenas uma.
   
3. 
   Além disso, diferentes instâncias do redis podem ter configurações de persistência distintas. Por exemplo, uma instância pode usar apenas memória e outra pode usar arquivos como storageRedis Persistence
   

Depois, há outras vantagens como ter senhas de autenticação separadas, estratégias de LRU, etc - o que só pode ser feito no nível da instância.