Outra solução é passar o banco de dados para o roteador via requisição, assim:
app.js
var db = openDatabase();
var app = express();
app.all('*', function(request, response, next)
{
request.database = db;
next();
});
app.get('/api/user/:id', Users.getByID);
users.js
var Users =
{
getByID: function(request, response)
{
request.database.collection('users').findOne(...)
response.send(user);
}
};
module.exports = Users;