Se você iniciar o mongod como usuário xxx então todos os diretórios e arquivos que ele precisa usar devem ser de propriedade do usuário xxx - no seu caso, vejo vários arquivos de propriedade de root então o mongod não pode manipular esses arquivos.

Corrija as permissões e certifique-se de nunca executar mongod como root novamente. Além disso, quando você recebe um erro de mongod olhar no arquivo de log lhe dirá exatamente o que causou um erro. (Em todos os casos, exceto quando o arquivo não é gravável pelo usuário mongod está sendo executado como).