MongoDB
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especificando a localização $ push na coleção usando o Pymongo


Você está usando o operador de atualização errado. O que você precisa é do $set operador de atualização e o $ posicional operador de atualização.
db.collection.update_one(
    {'class.className': 'cse131'},
    {'$set': {'class.$.time': '3:30'}} # or {'class.$.status': 'pass'}
)