Como dito aqui , para fazer o que você precisa você pode colocar algo assim em
script.js
(* aviso:código não testado )
use YOUR_DB
var bulk = db.collection.initializeUnorderedBulkOp();
bulk.find( { _id : 1 } ).upsert().update( { $set: { "text": "something else" } } );
bulk.find( { _id : 4 } ).upsert().update( { $set: { "text": "baz" } } );
bulk.find( { _id : 99 } ).upsert().update( { $set: { "text": "mrga" } } );
bulk.execute();
e execute-o com
mongo
Eu tive que fazer assim, pois qualquer coisa que eu tentei atualizar/inserir mais de 1000 documentos não funcionou por causa do limite.
fonte
