A imagem do docker mongo grava seus dados em um volume . Como resultado, esses dados não serão salvos em uma nova imagem do docker criada com docker commit . docker export não produzirá seus dados pelo mesmo motivo.

O que você quer é:

• crie um novo contêiner reutilizando o volume do primeiro contêiner → consulte --volumes-from
• salve os dados de volume do primeiro contêiner em um diretório no host do docker e crie um novo contêiner montando este diretório no container → o docker run -v opção

Além disso, este Pergunta SO pode ajudá-lo a descobrir volumes.