Alterar o valor da variável no documento depois de algum tempo?

O que você está pedindo basicamente não pode ser feito assim, você tem 2 maneiras de seguir esse caminho.

Toda vez que há uma recuperação de entrada, você pode executar um gancho mangusto como pre('find') que verificará se 4 semanas se passaram, se sim, altere o desativado para true você pode aprender mais sobre ganchos aqui

Algo semelhante a este exemplo - este exemplo foi retirado aqui

Schema.pre('find', function() {
  if (!this.getQuery().userId) {
    this.error(new Error('Not allowed to query without setting userId'));
  }
});

Você pode executar um trabalho cron todos os dias uma ou duas vezes (depende do seu período de tempo) que mantém a verificação de registros que passaram 4 semanas de criação e define deactivated para true

Este é um bom pacote cron cron

EDIT:O cron job pode ser qualquer período, a cada 10 minutos, 1 hora, 2, 100, etc...

Boa sorte