Meu problema era:eu tive que $puxar o objeto inteiro:
Collection.update({"_id":"fTgR2YtHiZBzzqF6J"},
{
"$pull": {
"following": {
"user": {
"_id": "MAyxz4Yk5F9vh9RRy",
"fb": {
"id": "100006719587007",
"name": "Mary Amfgaiehgkg Smithman"
}
},
"date": "2013-10-11T10:47:58.898Z"
}
}
}
});
e pode NÃO é só chamar isso:
Collection.update({"_id":"fTgR2YtHiZBzzqF6J"},
{
"$pull": {
"following": {
"user": {
"_id": "MAyxz4Yk5F9vh9RRy"
}
}
}
});