Você deve ser capaz de usar o
_id para classificar pela última inserção, conforme descrito na resposta aqui
:db.coll.find().sort({_id:-1}).limit(100);
É parece o uso de limite na operação padrão de remoção do mongo não é suportado, portanto, você pode usar algo assim para excluir os 100 documentos:
for(i=0;i<100;i++) {
db.coll.findAndModify({query :{}, sort: {"_id" : -1}, remove:true})
}
Consulte os documentos para saber mais sobre
findAndModify . 
