Você não pode indexar chaves dinâmicas e indexar
ratings indexaria todo o objeto como um blob, então você também não deseja fazer isso. Pode funcionar melhor retrabalhar seu esquema para:
{
"_id" : "Bob Blocker",
"ratings" : [
{id: "771206753", value: 1}
],
"prevalence" : 1
}
e indexe
'ratings.id' . 
