Você pode fazer isso envolvendo seu
$nin em um $elemMatch
operador para que o $nin é aplicado separadamente a cada elemento de sections em vez do conjunto de elementos como um grupo:Group.find({ sections: { $elemMatch: { $nin: archived_sections } } })
.exec(function(err, groups){
res.send(groups);
}
);
Se pelo menos um elemento satisfizer o
$elemMatch consulta, o documento corresponde. 
