Você também pode usar objetos para o campo _id. O campo _id é sempre exclusivo. Dessa forma, você obtém uma chave primária composta:
{ _id : { a : 1, b: 1} }
Apenas tome cuidado ao criar esses ids que a ordem das chaves (a e b no exemplo) importa, se você trocá-las, é considerado um objeto diferente.
A outra possibilidade é deixar _id sozinho e criar um índice composto exclusivo.
db.things.ensureIndex({firstname: 1, lastname: 1}, {unique: true});
//Deprecated since version 3.0.0, is now an alias for db.things.createIndex()
https://docs.mongodb.org/v3.0/reference/method/db.collection.ensureIndex/
