É melhor usar
.aggregate()
para fazer isso. Também é um método direto nos objetos de coleção em versões modernas do driver:$result = $db->collection('Profit_and_loss')->aggregate(array(
array( '$group' => array(
'_id' => '$entity_id',
'year' => array( '$max' => '$year' )
))
));
O
.distinct() comando só é executado em um único campo. Outros formulários requerem avaliação de JavaScript como você observou e são executados consideravelmente mais lentos que o código nativo. 
