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MongoDB $ lookup no documento aninhado


neste caso, é necessário um bom jogo com $ unwind e $ project na estrutura de agregação

por favor veja abaixo:
db.alumni.aggregate([
    {$match: {_id: 'john'}},
    {$unwind:"$items"},
    {$unwind:"$items.items"},
    {$lookup: {
        from: 'schools', 
        localField: 'items.items.school', 
        foreignField: '_id', 
        as: 'schoolInfo'}},
    {$unwind:"$schoolInfo"},
    {$project:{
        "_id":1,
        "items":[{
            "name":"$items.name",
            "items":[{
            "school":"$schoolInfo._id"    ,
            "grad":"$items.items.grad"    ,
            "schoolInfo":"$schoolInfo"
            }]
        }]            
    }}
]).pretty()

para ver como funciona - tente remover os estágios de agregação da consulta e verifique a estrutura do documento.