Se você encontrar esse erro, tente usar a string de conexão mais antiga para Node.js 2.2.12 ou posterior:
mongodb://<username>:<password>@main-shard-00-00-03xkr.mongodb.net:27017,main-shard-00-01-03xkr.mongodb.net:27017,main-shard-00-02-03xkr.mongodb.net:27017/main?ssl=true&replicaSet=Main-shard-0&authSource=admin&retryWrites=true
De acordo com o MongoDB, o SRV possivelmente não está funcionando devido ao Mongoose.