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Como atualizar um elemento de matriz específico no MongoDB


Você pode usar o $ operador posicional para identificar o primeiro elemento da matriz para corresponder à consulta na atualização assim:
db.VariantEntries.update({
    "pos": 17060409,
    "sampleID": "Job1373964150558382243283", 
    "information.name":"Category"
},{
    $set:{'information.$.value':'11'}
})