As principais diferenças são

• $near classifica com base na distância de um ponto; $geoWithin testes de contenção em um polígono ou multipolígono com coordenadas GeoJSON, ou contenção em um de um conjunto de formas para coordenadas 2D
• $near retorna o documento do mais próximo para o mais distante e qualquer outro pedido requer classificação na memória; $geoWithin pode ser usado com outros índices de classificação
• $near requer um índice geoespacial; $geoWithin funciona melhor com um, mas não requer isso
• $near não é compatível com clusters fragmentados - você precisa usar o geonear comando ou$geoNear estágio de agregação em vez disso

Confira também a documentação de $near e $geoWithin .