Você já tentou fazer sua consulta depois a conexão do banco de dados abre? Eu não tenho um servidor Mongoose para testá-lo, mas esse seria meu primeiro palpite.
var Stuff = mongoose.model('Stuff', StuffSchema);
db.once('open', function () {
Stuff.find({}, function (e, body) {
console.log('It worked!');
});
});
Desculpe, se isso não acabar corrigindo-o.
