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Como remover o documento de esquema incorporado no mangusto?


Não posso dizer o que há de errado com o seu exemplo, a não ser que você está agindo da maneira errada. O MongoDB fornece uma maneira mais fácil e integrada de remover itens de uma matriz, especificando exatamente ou por meio de uma consulta:

Veja o $pull operador .

No mangusto, uma maneira de fazer isso seria:
Article.findByIdAndUpdate(this._id, {
  $pull: {
    likes: {user: user._id}
  }
}, cb);