A interseção de índice é um novo recurso introduzido na compilação de desenvolvimento do MongoDB 2.5.5 e será incluído na versão de produção do MongoDB 2.6.

A interseção de índice envolve o uso de vários índices para satisfazer uma consulta; índices compostos são índices em vários campos. É possível que a interseção de índice use um índice inteiro ou um prefixo de índice de um índice composto. Em geral, como no MongoDB 2.5.5, cada interseção de índice envolve dois índices; no entanto, o MongoDB pode empregar interseções de índice múltiplo/aninhado para resolver uma consulta.

Isso vai variar de acordo com o seu caso de uso. A interseção de índice oferece flexibilidade se não houver um índice composto adequado para cobrir todas as suas consultas comuns, mas um índice composto pode ser mais seletivo e ser capaz de encontrar resultados inspecionando menos entradas de índice. Por outro lado, se você puder aproveitar a interseção de índice para substituir vários índices compostos, pode haver benefícios de sobrecarga reduzida para manutenção de índice.

Sua melhor abordagem é testar isso em seu ambiente de desenvolvimento/preparação.

Há uma Interseção de índice página no manual que entra em mais detalhes sobre como isso funciona.