Por que você quer fazer qualquer coisa com JSON? Você não pode simplesmente usar o objeto Document recuperado (o driver já analisou o JSON para preparar esse objeto para você) e mapeá-lo para o seu POJO no código?

(e quem sabe, talvez em muitos casos a conversão não seja necessária, pois Document implementa Map, você tem nomes em POJO e Document que combinam entre si e, portanto, devem ser bem tratados por um mecanismo de modelo que não seja complexo. ..)