Você não precisa armazenar arquivos intermediários, você pode canalizar a saída do arquivo s3 para stdout e obter entrada para
mongoimport de stdin. Seu comando completo seria algo como:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
observe o
- que diz enviar o arquivo para stdout em vez de um nome de arquivo. 
