A principal desvantagem é o viés de consulta. O fenômeno de que esses bancos de dados tendem a ser projetados com um tipo específico de consulta em mente e se tornam difíceis de lidar quando outras consultas precisam ser escritas.

Suponha que você tenha Alunos e Cursos e modele tudo isso para poder dizer, em uma única linha em uma única tabela, "John Doe leva {Francês, Álgebra, Teoria Relacional}" e "Jane Doe leva {Alemão, Funcional Computação, Teoria Relacional}".

Isso facilita a indagação "quais são todos os cursos seguidos por...", mas tente imaginar o que seria necessário para produzir a resposta para "quais são todos os alunos que seguem a Teoria Relacional".

Tente imaginar todas as coisas que o próprio sistema deveria estar fazendo para dar a tal consulta (se fosse possível escrevê-la) alguma chance de executar razoavelmente ...