Você está correto em que a API em massa opera apenas em coleções únicas.

Não há um motivo específico, mas as APIs em geral têm escopo de coleção, portanto, uma "inserção em massa de coleção cruzada" seria um desvio de design.

É claro que você pode configurar vários objetos de API em massa em um programa, cada um em uma coleção diferente. Tenha em mente que, embora isso não seja transacional (no sentido startTrans-commit-rollback), nem é a inserção em massa.