A primeira coisa a verificar é "houve alguma exceção" ?

Em coll.update() , você não está configurando o safe variável. Se houver uma exceção na update , ele não será lançado.

No seu código você não pega exceções (o que é sugerido) e sua atualização não verifica exceções, então você não tem como saber o que está acontecendo.

A segunda coisa a verificar é "como você está contando" ?

A update comando pode "apagar" dados, mas não pode excluir dados (ou alterar um _id ).

Você tem uma cópia dos dados originais? Você pode executar seu código em um pequeno número desses 10 ou 100 e ver o que está acontecendo?

O que você descreve não é normal com nenhum dos drivers do MongoDB . Definitivamente, precisamos de mais dados para resolver esse problema.