Você pode usar imprimir e redirecionar a saída:
script.js:
cursor = db.users.find();
while(cursor.hasNext()){
printjson(cursor.next());
}
em seguida, execute o script e redirecione a saída para um arquivo:
mongo --quiet script.js > result.txt
cursor = db.users.find();
while(cursor.hasNext()){
printjson(cursor.next());
}
mongo --quiet script.js > result.txt