O novo membro do conjunto de réplicas terá o benefício de não haver fragmentação, pois sincroniza totalmente com o conjunto de réplicas. A replicase existente, muito provavelmente, possui fragmentação devido a exclusões e atualizações de documentos movendo os documentos.

Em nosso ambiente, periodicamente colocamos cada membro do replset offline, eliminamos seu diretório de dados e permitimos a sincronização completa para eliminar a fragmentação. Funciona para nós, mas nosso conjunto de dados pode ser "pequeno" em relação a outras implantações. Acho que existe uma maneira de fazer isso através do console com algum db.runCommand mas não sei qual é.