Salve todas as três coisas (conexão do servidor, banco de dados e coleção) e inicie seu app.ODMs para MongoDB como Mongoose fazer eles mesmos, caso você tenha dúvidas. Você pode querer usar async para evitar aninhar seu código muito profundamente.

Pessoalmente, eu uso mongo-lite que me permite fazer var db = require('mongo-lite').connect('mongodb://localhost/exampleDb', ['test']); Depois disso, posso mexer no db.test, minha coleção. Isso me poupa um monte de clichê.