Recuperar vários elementos consultados em uma matriz de objetos na coleção do MongoDB

Você pode usar $redact operador:

db.buildings.aggregate([
{$match:{"zone.AHU":{$exists:true}}},
{$redact:{
  $cond:{
       if:{$or:[{$eq:["$AHU","C"]},{$not: "$AHU"}]},
       then:"$$DESCEND",
       else:"$$PRUNE"   
     }  
   }}  
])

Lembre-se de {$not: "$AHU"} é importante ser incluído para que o elemento superior não seja excluído. Se não for adicionado, o elemento superior será ignorado e, portanto, ignorando todo o documento incorporado.

Resultado:

{
"_id" : ObjectId("5aba4460a042dc4a2fdf26cd"),
"name" : "Test Street",
"coordinate" : [ 
    12, 
    31
],
"yearlyEnergyCost" : 1444,
"zone" : [ 
    {
        "name" : "AHU-C-Z2",
        "_id" : ObjectId("5aba4460a042dc4a2fdf26ce"),
        "AHU" : "C",
        "precooling" : [],
        "subZone" : []
    }, 
    {
        "name" : "AHU-C-Z1",
        "AHU" : "C",
        "_id" : ObjectId("5ac09c898249affa03506eff"),
        "precooling" : [],
        "subZone" : []
    }, 
    {
        "name" : "AHU-C-Z3",
        "AHU" : "C",
        "_id" : ObjectId("5ac09c898249affa03506efe"),
        "precooling" : [],
        "subZone" : []
    }
],
"__v" : 2
}