A sintaxe é diferente no driver do nó e no shell, que é a sintaxe que você está usando.
db.collection("collection_name").findAndModify(
{ _id: _id }, // query
[], // represents a sort order if multiple matches
{ $set: data }, // update statement
{ new: true }, // options - new to return the modified document
function(err,doc) {
}
);
Existe uma função separada para
.findAndRemove() 
